В 1977 году иеромонах Филумен был наречен игуменом обители при Кладезе Иакова, возле которого Христос встретился с самарянкой (см.: Ин. 4: 6). Будущий святой занялся сбором средств и получением необходимых разрешений на постройку церкви святой Фотинии над колодцем, которая оставалась неоконченной со времен Первой мировой войны.
Игумен Филумен отличался мягким и приветливым характером, его связывали мирные отношения как с христианами, так и с мусульманами и иудеями. Он даже позволил иудеям приходить каждую неделю ко Кладезю Иакова, чтобы совершать там моления. Однако вскоре некоторые из них потребовали убрать из часовни все иконы и священные предметы, будто бы мешающие им молиться. Святой Филумен отказался, и в ответ посыпались угрозы.
16 ноября 1979 года, когда отец Филумен один совершал вечерню в часовне, два иудея набросились на святого, нанесли топором в лицо две крестообразные раны, выкололи глаза и отрубили по частям пальцы правой руки. Не удовольствовавшись убийством кроткого священника, они осквернили храм: разрубили распятие, разбросали и осквернили священные сосуды и совершили другие кощунства. Наконец, взорвав в часовне гранату, они бежали. Наутро сторож-араб обнаружил тело святого в крови, следы которой по сей день видны на стенах храма во свидетельство веры во Христа. Ведь именно в этих местах Господь возвестил, что тем, кто последует за Ним, Он даст воду, которая сделается источником воды, текущей в жизнь вечную (см.: Ин. 4: 14).